常规的阴离子聚丙烯酰胺的分子量范围在800万至2000万之间，也有高粘度高分子量的2200万至2500万阴离子聚丙烯酰胺。其中低分子量（800万-1200万）产品溶解性较好，常用于需要快速溶解或对絮体强度要求不高的场景；中分子量（1200万-1600万）平衡了溶解性和絮凝效果，适用于大多数常规污水处理中的絮凝沉淀；高分子量（1600万-2000万及以上）絮凝能力强，形成的絮体大且紧密，适用于高浓度悬浮物或难处理的废水。
在污水处理中，阴离子聚丙烯酰胺用于絮凝工艺时，其中低分子量（800万-1500万）可用于粘度调节、分散作用，适用于较不复杂的废水情况，1200万至1800万分子量的产品主要用于地下污水处理及造纸工业中的干强剂；1800万至2500万分子量的产品主要用作增稠剂，用于油田采油、污水沉淀以及香料和粘合剂行业。在复杂地质条件下，如软岩、富水地层或易坍塌区域，需选用2000万-2500万超高分子量产品，而常规地层用1200万-1800万分子量的产品即可满足护壁需求。
针对不同类型的污水，如工业废水、生活污水等，要根据水质特点、处理工艺要求来选择阴离子聚丙烯酰胺的分子量。
